Среди систем и механизмов работа тормозной системы проходит в наиболее сложных условиях. Невзирая на высокую надежность тормозов Шкоды Рапид в целом, система является требовательной к регулярному техническому обслуживанию.
Конструкторы устанавливают преимущественно дисковые тормозные механизмы на все колеса, при этом на передние колеса – вентилируемые. Только в самой простой модификации используются барабанные тормоза.