В составе с двигателями Шкоды Фабии II успешно работают как традиционная «механика», так и гидромеханический «автомат» или робот.
Все коробки имеют проверенную конструкцию, в том числе и на других автомобилях концерна VW. Основными агрегатами являются:
- 5МКПП. Предлагается для всех типов моторов, но для дизельных агрегатов изменены передаточные числа для некоторых ступеней.
- Роботизированная трансмиссия. Имеет два сцепления и 7 рабочих диапазонов. Работает с мотором 1,2 л.
- Классический «автомат». Преимущественно используется с мотором 1,6 л. Имеет 6 ступеней.
Агрегаты обладают надежностью, но при этом требуют регулярного обслуживания и при обращении нуждаются в аккуратном обращении.