Несмотря на значительные изменения во внешнем виде и силовой линейке, тормозная система на Фабиа третьего поколения по-прежнему встречается с задними тормозами барабанного типа. В различных модификациях для передней оси предлагаются как дисковые тормоза, так и вентилируемые дисковые механизмы.
Такой подход конструкторов позволяет выбрать между эффективностью замедления при активном стиле управления и простотой обслуживания. При этом все тормозные механизмы отличаются высокой надежностью и применением качественных материалов.